Struktur organisasi PS Doktor Ilmu Pertanian FP-USU terdiri atas Ketua, (sebagai pimpinan PS), dibantu oleh Sekretaris PS dan Tata Usaha. Dalam melaksanakan tugas, semua struktur organisasi PS dipandu oleh manual prosedur yang tersedia dan merupakan bagian dari Gugus Kendali Mutu (GKM) PS. Hubungan personal di PS terjalin dengan baik, berasas musyawarah dan berprinsip kebersamaan, tidak birokratis antar sesama dosen, pegawai dan mahasiswa. Hubungan ini menciptakan suasana organisasi yang kondusif dan bersahabat, namun tetap berkomitmen tinggi dalam mewujudkan visi, melaksanakan misi, mencapai tujuan dan sasaran dan dalam melaksanakan strategi pencapaian sasaran.