Dalam perencanaan pengelolaan program studi, ketua program studi berkoordinasi dengan tim Dekanat Fakultas Pertanian dan Sekretaris Program Studi. Pelaksanaan kegiatan administrasi dilakukan oleh satu orang staf administrasi. Implementasi dari perencanaan tersebut secara keseluruhan diorganisir oleh ketua program studi, namun dalam operasionalnya, fungsi staffing dan organizing ini didistribusikan kepada sekretaris program studi, dan staf administrasi.
Perencanaan dan pengembangan program studi dilaksanakan dan dievaluasi dengan melibatkan seluruh dosen yang ada di program studi melalui rapat ataupun diskusi di tingkat program studi dan bila menyangkut program studi lain, maka perencanaan dan pengembangan program studi dilakukan koordinasi melalui/di tingkat fakultas. Bila menyangkut mahasiswa, perencanaan dilakukan dengan melibatkan mahasiswa dengan mengundang pengurus Ikatan Mahasiswa Pasca sarjana Ilmu Pertanian FP-USU.
Perencanaan penentuan mata kuliah yang akan diampu oleh dosen diputuskan dalam
suatu rapat dosen yang dipimpin oleh Ketua PS. Mahasiswa yang akan melaksanakan perkuliahan harus mengisi Kartu Rencana Studi (KRS) pada setiap awal semester dan disetujui oleh Ketua PS. Pelaksanaan Ujian Tengah Semester dan Ujian Akhir Semester dilaksanakan sesuai dengan Kalender Akademik USU.
Pada tingkat Universitas terdapat Lembaga Manajemen Mutu (LMM) yang bertugas melakukan pemeriksaan (audit) baik pemeriksaan kepatuhan (compliance test) maupun quality assurance. Di tingkat Fakultas terdapat Unit Jaminan Mutu (UJM) yang menetapkan standar mutu yang harus dipenuhi oleh semua Program Studi yang ada di lingkup Fakultas Pertanian. Selanjutnya di tingkat Program Studi terdapat Gugus Kendali Mutu (GKM) yang bertugas antara lain: (1) menilai dan mengevaluasi kebijakan akademik dan program kerja PS, (2) melakukan penilaian akademik dan kecakapan serta kepribadian dosen, dan (3) merumuskan standar operasional akademik minimum untuk keberhasilan penyelenggaraan Tridharma PS.
Dalam rangka untuk mensukseskan pelaksanaan rencana yang disusun tersebut, PS secara konsisten menerapkan fungsi manajemen/pengelolaan. Fungsi pengelolaan yang dimaksud terdiri atas fungsi perencanaan (planning), pengorganisasian (organizing), pengembangan staf (staffing), pengawasan (controlling), pengarahan (leading), dan representasi serta penganggaran.